Maahad Tahfiz Sains Al-Muhammadi atau sebelum ini diberi nama Maahad Tahfiz Sains Yaakubiah mula dibuka secara rasmi pada 16 Disember 2011 dan diasaskan di atas tanah seluas 1.06 hektar di sebuah sekolah lama Maahad Yaakubiah Nipah yang kemudiannya mendapat bangunan baru di kawasan yang berhampiran. Jawatankuasa PIBG sekolah yang melihat bangunan sekolah yang ditinggalkan itu sudah terlalu uzur dan telah mengambil langkah membaik pulih semula yang melibatkan kos RM40,000.00. Pada tahun 2008, dengan kelengkapan prasarana yang sederhana ini maka bermulalah pengambilan pelajar pertama seramai 60 orang pelajar. Pada peringkat awal, MTS Cuma memiliki sebuah rumah warden, 4 buah dorm asrama pelajar, 2 bilik untuk proses pengajaran dan pembelajaran, sebuah dewan makan dan sebuah pejabat pengurusan.
Pihak PIBG terpaksa membina satu lagi bangunan baru pada tahun 2009 yang mengandungi 4 dorm asrama bagi menampung kemasukan pelajar baru seramai 60 orang dengan belanja sendiri dan sumbangan derma daripada orang ramai. Sebuah dewan makan tambahan juga turut dibina bagi menampung pertambahan pelajar. Dengan kesungguhan semua pihak, Alhamdulillah bangunan ini dapat disiapkan dan beroperasi mengikut tempoh jangkaan.
Tarikh Kemaskini : Ahad, 13 Jun 2021